財政部臺北國稅局表示，稽徵實務經常發現機關團體不諳所得稅法及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(以下稱免稅標準)暨相關法令規定，致未依規定報繳稅款，甚至短漏報課稅所得額而遭受處罰。鑒於101年度機關團體所得稅結算申報案件查核作業即將進行，該局依據往年查核經驗，彙整常見的課稅所得額調整及違章疏失型態，提供機關團體參考。
該局就以往機關團體所得稅結算申報常見的課稅所得額調整及違章疏失型態，說明如下：
1.收入面
1. 機關團體將基金或各項收入用於購買國內證券投資信託公司發行之受益憑證，於轉讓或申請買回時之損益，屬免稅所得；如將基金或各項收入信託銀行財產專戶用於投資國外基金，除與免稅標準第2條第1項第5款規定不符外，其轉讓或申請買回時之損益，則屬應稅所得，須併入申報。常見機關團體漏未加計投資國外基金之轉讓或申請買回損益，致漏報收入金額遭課徵所得稅及處罰。
2. 取得政府機關為提升機關團體之服務品質或鼓勵機關團體配合辦理相關業務所給與獎助性質之各項補助費，皆列為「銷售貨物或勞務以外之收入」，進而影響收入之正確性，應視該機關團體無須相對提供勞務或服務時，始可列為「銷售貨物或勞務以外之收入」，反之，則應列為「銷售貨物或勞務之收入」，依法課徵所得稅。
2.支出面
1. 機關團體銷售貨物或勞務之行為如與其創設目的有關，其依法繳納之所得稅，依規定計算當年度支出比例時，准併入支出項下計算。常見機關團體於營利事業所得稅結算申報時，將估列之所得稅費用併入當年度支出項下，不符免稅標準第2條第1項第8款規定，而遭剔除補稅。
2. 免稅標準所稱支出比例，係指按當年度之支出與收入比較核計，以往年度結餘款應不在當年度收入範圍內。常見機關團體於計算支出比例時，雖未將以往年度結餘款列為收入，然將動支以往年度結餘款列為當年度支出，並再計入實際支用年度支出比例之分子，致重複計算，經扣除後當年度支出比例則未達收入60%，不符免稅標準第2條第1項第8款規定。機關團體應先行檢視，如未符合相關規定，應以「全部結餘款」擬訂結餘經費保留計畫，並檢附相關文件，儘速向主管機關辦理。
3.機關團體之財產總額或當年度收入總額達新臺幣1億元以上者，依免稅標準第2條第2項規定，應委託經財政部核准為稅務代理人之會計師查核簽證申報。常見機關團體其當年度收入總額達新臺幣1億元以上，並未委託會計師查核簽證，經稽徵機關輔導並限期補辦，始視為符合前揭規定。
該局提醒機關團體重新檢視申報資料，如有不符稅法相關規範者，應主動按正確資料向所轄稽徵機關辦理更正申報，並自動補報補繳應納稅額及加計利息，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，依稅捐稽徵法第48條之1規定，可免予處罰。
聯絡人：審查一科周股長
日期：2014/03/14
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